Uma das divisões da Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Inovação (PROPEGI) é a Coordenação Geral de Pesquisa (CPQ), que possui a missão de auxiliar a PROPEGI no planejamento, proposição e implementação de políticas de pesquisa científica para UPE, colaborando para o desenvolvimento científico, tecnológico e social do Brasil. Alguns dos objetivos da CPQ é:
a) Acompanhar e incentivar atividades de capitação de recursos para apoio a pesquisa, assim como contribuir para a criação e regulamentação de convênios e cooperações científicas;
b) Direcionar investimentos e recursos para novos programas de pesquisa e apoiar os já existentes;
c) Coordenar e acompanhar projetos e relatórios cadastrados nas bases de dados da Universidade;
d) Certificar Grupos de Pesquisa da UPE cadastrados no Diretório dos Grupos de Pesquisa (DGP) do CNPq, assim como avaliar e aprovar novas propostas de criação de grupos;
e) Promover e apoiar encontros, simpósios, seminários e conferências que contribuam para fortalecer e divulgar atividades de pesquisa na UPE;
f) Gerenciar editais de apoio a pesquisa em programas de pós-graduação stricto sensu da UPE e nos programas de iniciação científica para alunos de graduação e ensino médio.